Vývojáři z Red Hat představili plán na budoucí verzi Flatpaku označovanou jako Flatpak Next, která má přinést hlubokou změnu architektury balíčkového systému pro Linux. Cílem je zvýšit bezpečnost, modularitu a flexibilitu správy desktopových aplikací. Mezi klíčové změny patří přepsání jádra do programovacího jazyka Rust, což snižuje riziko chyb a zranitelností typických pro C. Nová architektura bude využívat službu systemd-appd pro centralizované řízení identity a oprávnění aplikací, čímž se oddělí odpovědnost za sandboxing do systémových služeb.